生物の分類

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生物の分類（せいぶつのぶんるい）では、生物を統一的に階級分類する方法を説明する。分類学、学名、Category:分類学、ウィキスピーシーズも参照のこと。

概説

判明している生物の種は、300万から1,000万種である。それぞれの種には学名（属名+種小名または属名+種形容語）がつけられる。学名の前半は属名で、属とはごく類縁関係が近い種をまとめたものである。これらを分類してその分類グループに分類名をつけることが行われている。さらにこの分類を階層的に（小分類>中分類>大分類etc）体系付けすることで、いろいろな生物グループ同士の類縁関係、ひいては進化の系譜を明らかにしようとする。

分類学は、それぞれの時代において、その当時までに判明した情報に基づいてできるだけ納得の出来るような分類の体系を模索し続けてきた。リンネの時代には形態を中心に、顕微鏡が使われるようになればそこから得られる情報をも利用し、生化学が発達すれば色素なども利用し、常にできるだけ納得のいく体系が探し求められた。そのため、分類体系は時代と共に変化しつつ、次第に正しい姿に近づいているものと考えられる。20世紀末には遺伝子そのものを参照する分子遺伝学の手法が取り入れられ、多くの分類群において大きな見直しが迫られている。したがって、このような体系は今後も変更を余儀なくされることがままあるはずである。

しかしながら、それぞれの時点において、どれかの体系を採用しなければ文章は作れない。そのため、Wikipediaはそれぞれの群で特定の体系を採用している。したがって、その記述が他の書籍等と異なる場合があること、どちらが正しいかの議論が困難な場合があることを記しておく。

アリストテレスの分類

どのような分類体系が合理的かは、アリストテレス以来さまざまな工夫がされ、案が出されてきた。 彼の『動物誌』では動物分類は次のようになる。

  1. 有血動物
    1. 胎生
      1. 人類
      2. 胎生四足類
      3. 鯨類
    2. 卵胎生
      1. 軟骨魚類
    3. 卵生
      1. 鳥類
      2. 卵生四足類
      3. 無足類
    4. 不完全卵生
      1. 魚類
  2. 無血動物
    1. 不完全卵生
      1. 軟体類
      2. 軟殻類
    2. 蛆生あるいは自然発生
      1. 有節類
    3. 無性生殖または自然発生
      1. 殻は類
      2. その他

アリストテレスの権威が絶対とされた中世は、この動物分類が支配的であった。

リンネの分類

近代的な分類法の刷新はリンネから始まった。

リンネは種の学名に二名法（属名と種小名の2語で表す）を採用し、分類を体系づけた。 また、属・種の上位分類として、綱・目を設けて、階層的な分類体系とした。

現在の生物分類でもこのルールは変わっていないが、リンネの時代に比べると階層構造はより多段階となっている（後述）。

しかしリンネの分類自体が現在もそのまま生きているわけではない。例えば、リンネはクジラを魚類に分類していたがこれは誤りであった。 また植物をおしべの本数を元に分類したことは有名だが、現在の植物分類ではこの分類手法は捨てられている。

また、リンネの時代には「進化」の概念がなかったため、リンネの分類はあくまでも形態の類似異同の差異による操作に限られる限界があった。

現在の生物分類

テンプレート:Main テンプレート:Biological classification 以下では現時点で生物分類でほぼ一般的に使われている分類体系フレームを記述する。

※ 分類体系はこれまでに述べたように、あくまでも人が扱いやすくするための人為的なものである側面があることに注意すること。
※ 近年では、さまざまな分野で伝統的な分類体系を系統学の知見を反映させた体系に組替える動きが盛んである。
和名 英名 ラテン語名 例：ヒト 例：ローズマリー 例：エノキタケ 例：大腸菌 例：A. ペルニクス
ドメイン: domain: regio: 真核生物 真核生物 真核生物 細菌（真正細菌） 古細菌
界: kingdom: regnum: 動物界 植物界 菌界 なし クレン古細菌界
門: phylum
/division: 		phylum
/divisio: 		脊索動物門
（脊椎動物亜門） 		被子植物門 担子菌門 プロテオバクテリア門 クレン古細菌門
綱: class: classis: 哺乳綱 双子葉植物綱 菌蕈綱 γプロテオバクテリア綱 テルモプロテウス綱
目: order: ordo: サル目 シソ目 ハラタケ目 腸内細菌目 デスルフロコックス目
科: family: familia: ヒト科 シソ科 キシメジ科 腸内細菌科 デスルフロコックス科
属: genus: genus: ヒト属
Homo 		ローズマリー属
テンプレート:Snamei 		エノキタケ属
テンプレート:Snamei 		エスケリキア属
テンプレート:Snamei 		アエロピュルム属
テンプレート:Snamei
種: species: species: テンプレート:Snamei テンプレート:Snamei テンプレート:Snamei テンプレート:Snamei テンプレート:Snamei
  • 門は、動物学と細菌学ではphylum、植物学、菌類学ではdivision/divisioと使い分ける。
  • 中間的分類が必要なときの階級名は、その分類単位よりも上位の分類には、大 (magn-)・上 (super-)を、下位の分類には、亜 (sub-)・下 (infra-)・小 (Parv-)などの接頭語を各階級の頭につけて生成させる。
  • subfamily（亜科）とgenus（属）の間をさらに細分する必要があるときは、tribe（動物では族、植物では連）を使う。
  • subgenus（亜属）とspecies（種）の間をさらに細分する必要があるときは、section（節）を使う。

分類名の接尾辞

属より上位の分類名には、植物・藻類・菌類については国際藻類・菌類・植物命名規約、動物・原生動物では国際動物命名規約、細菌・古細菌では国際細菌命名規約で定められた規則的な接尾辞が付けられている。

分類単位
Taxon 		植物
Plants 		藻
Algae 		菌
Fungi 		動物
Animals 		真正細菌、古細菌
Bacteria, Archaea
門 Division/Phylum -phyta -phyta -mycota    
亜門 Subdivision/Subphylum -phytina -phytina -mycotina    
綱 Class -opsida -phyceae -mycetes   (-ia)
亜綱 Subclass -idae -phycidae -mycetidae   (-idae)
目 Order -ales -ales -ales   -ales
亜目 Suborder -ineae -ineae -ineae   -ineae
上科 Superfamily -acea -acea -acea -oidea  
科 Family -aceae -aceae -aceae -idae -aceae
亜科 Subfamily -oideae -oideae -oideae -inae -oideae（現在使用されていない）
族（連） Tribe -eae -eae -eae -ini -eae（同上）
亜族（亜連） Subtribe -inae -inae -inae -ina -inae（同上）

分野によっては慣習的に、よく使われる語尾がある。たとえば、動物門の -zoa、綱の -morpha、目の -iformes、-ida、古細菌門の-archaeota などである。しかしこれらはルールではなく、例外が多い。

最上位分類の変遷

界

テンプレート:Main 生物（現在から見れば高等生物のみであるが）は古代から植物・動物の2つに分けられ、近代にはそれぞれが界 (kingdom) とされた。

微生物が発見されてくると、1860年、エルンスト・ヘッケルが原生生物界を作り三界とした。さらに後には五界説、八界説などが登場してきたが、現在から見れば過渡的な分類と言える。

一方、原核生物の研究が進むと、細胞核の有無など細胞の基本構造の違いに比べれば従来の界の違いは表層的なものであるとして、界より上の分類が現れた。

ドメイン

テンプレート:Main

界より上の階級は、上界 superkingdom、empire、ドメイン domain などと呼ばれたが、現在ではドメインで統一されている。（上界はドメインと界の間の階級として使われることがある）

1937年、シャットン (E. Chatton) は、生物全体を原核生物 テンプレート:Sname と真核生物 テンプレート:Sname の2つの empire に分類した。

1990年、ウーズは、原核生物を真正細菌と古細菌に分割し、また階級名をドメインとした。ウーズによれば、生物全体は、真核生物、真正細菌、古細菌に分かれる。

リンネ
（1735年）
2界説 		ヘッケル
（1894年）
3界説 		ホイタッカー
（1969年）
5界説 		ウーズ
（1977年）
6界説 		ウーズ
（1990年）
3ドメイン説[1]
  原生生物界 モネラ界 真正細菌界 真正細菌
古細菌界 古細菌
原生生物界 原生生物界 真核生物
植物界 植物界 菌界 菌界
植物界 植物界
動物界 動物界 動物界 動物界

系統的な分類へ

2000年代初頭までは、最新分類として、八界説をはじめとするキャバリエ＝スミスの説がよく使われていた（Cavalier-Smith, 2002など）。八界説等はどちらかといえば、それまでの界の枠組みを残しつつ、それまでに得られた系統情報を盛り込んだものである。

その一方で、しだいに遺伝子解析の手法も熟練度を増し、系統そのもので分類することが出来るレベルにまでなってくる。

2005年、国際原生生物学会から真核生物の新しい分類体系（Adl et al.）が提出された。 この分類は、それまでの界の枠組みを廃し、真核生物を6つのスーパーグループに分類するものである。ウィキペディアの各記事でも、これらを界相当の分類として採用している場合が多い。

真正細菌ドメイン 真正細菌
古細菌ドメイン 古細菌
真核生物ドメイン オピストコンタ
アメーボゾア
エクスカバータ
リザリア
アーケプラスチダ
クロムアルベオラータ

クロムアルベオラータについては、当時から単系統性が疑問視されていて、近年に見られる他の多くの分類では細分される傾向にある。（細分した場合には通常、ストラメノパイル、アルベオラータ、クリプト植物、ハプト植物の４グループに分けられる。2010年現在では、クリプト植物とハプト植物が姉妹関係にあるとして、有中心粒類を含めて、ハクロビアという分類群を形成するとする説が有力視されるようになってきている。[2]）　また一方では、上述のスーパーグループのうちの4つをまとめたバイコンタが、その単系統性を有力視されるようにもなった。

そのような近年の分子系統学的な成果を取り入れつつ、階層分類を盛り込んだものもある。下表に一例を示す。

細菌ドメイン 真正細菌界
古細菌ドメイン ユリアーキオータ界
クレンアーキオータ界
真核生物ドメイン オピストコンタ上界 動物界
菌界
アメーボゾア上界 アメーボゾア界
バイコンタ上界 エクスカバータ界
リザリア界
植物界
ストラメノパイル界
アルベオラータ界
ハクロビア界

これらの中では、ストラメノパイルとアルベオラータが特に近縁であることが知られていて、これにリザリアを含めたSARスーパーグループ等と呼ばれる単系統群が有力視されている。

また、この表のような3上界型は、日本で好まれていて専門書や生物の参考書等でも目にすることが出来る。その一方で、英語圏のサイトでは最近では、バイコンタは側系統群とされる場合も多くなってきている。オピストコンタとアメーボゾアを合わせたユニコンタが、多くの場合、単系統群であるとされている。

一般的分類例

原核生物

真正細菌（ドメイン：バクテリア）

古細菌（ドメイン：アーキア）

真核生物

原生生物界

植物界

菌界

動物界

分子系統学的分類例

ファイル:Phylogenetic Tree of Life-ja.png
全生物を対象にした系統樹の1例。色は生物分類表に従っている

20世紀後半から勃興した、タンパク質のアミノ酸配列や核酸の塩基配列決定法の技術、そしてそのデータを用いて系統の類縁関係を推定する解析手法の進展に伴って、従来の生物系統分類法は大きな変革を迫られている。特に、これまで他のグループに所属させることができないために一括りに分類されていた、原生生物や藻類、一部の菌類につき系統が大幅に見直されつつある。学問上は二界説ないし五界説は既に瓦解したと言っても過言ではない。ここではキャヴァリエ＝スミス (Thomas Cavalier-Smith) らが中心となって提唱している分子系統学的分類の一例を示す（ただし現生生物のみ。原核生物はリンケらの説も参考）。従来の界、門、綱との整合性は今後の課題である。この分野は現在さらに進展しつつあるため、今後も大小の変更があり得る。

脚注

  1. ↑ テンプレート:Cite journal
  2. ↑ 中山剛氏（筑波大）の原生生物の記事(pdf)

関連項目

nl:Taxonomie#Taxonomie in de biologie

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