上村 長種（うえむら ながたね、永正2年（1505年） - 天文4年4月8日（1535年5月9日））は、戦国時代の武将。父は上村頼廉で、兄に上村頼興。相良長毎は伯父にあたる。
兄と同じく相良義滋の重臣として仕えた。相良長毎没後の相良宗家の家督争いでは、兄の上村頼興を助けて活躍した。優れた教養人でもあり、家中における人望は兄を凌いでいたと伝わる。天文4年（1535年）、家中に人望が厚い長種を恐れた、兄の頼興によって謀殺された。
後に祟りがあったとされる。
